后勤服务中心内部设置7个职能部门：综合办公室、餐饮服务部、物资服务部、市场节能部、维修服务部、医疗防控办公室、物业服务部。

(1)综合办公室：负责协调校内外各项后勤工作；负责学校安全生产管理工作；负责后勤人力资源管理工作；负责后勤国有资产管理工作；负责后勤宣传与信息化建设工作；负责后勤文书档案管理工作。

 (2)餐饮服务部：负责食品安全检测工作；负责饮食服务外包及托管服务的监管工作（包括引进优质餐饮企业改善就餐环境）；负责两校区餐饮管理与饮食安全督查工作；负责学校接待用餐协调工作；负责餐饮成本管理工作。

(3)物资服务部：负责自营食堂各类物资的招标、采购、出入库核算与日常管理工作。

(4) 物业服务部：负责濂溪校区校园环境卫生的督查、考核与管理；负责校园教学楼宇管理工作；负责校园电梯维护管理工作；负责校园园林绿化养护与管理。

(5) 维修服务部：负责校园水电等零星维修管理；负责项目维修改造管理工作。

(6) 市场节能部：负责校园内商场、租赁门店、通讯市场及服务经营外包（托管）项目的经营、管理与督查；协助领导开展节能工作；负责向师生、商户收缴水电费。

(7) 医疗防控办公室：负责全校师生员工的日常医疗救治工作；负责健康教育宣传工作；负责传染病宣传教育及防控工作；负责医保工作；负责灭四害等生物防治等工作。